Il 31 maggio 1796 un reparto di 1.500 francesi saccheggia Arquata e libera i propri prigionieri detenuti nel castello. Tuttavia, ai primi di giugno scoppia una nuova ribellione: gli arquatesi, con l’appoggio logistico della guarnigione piemontese della fortezza di Serravalle, che fornisce loro armi e munizioni, insorgono uccidendo un certo numero di soldati dell’Armée e, ammainato il vessillo tricolore, innalzano quello imperiale.
Bonaparte ordina al generale di brigata Jean Lannes di marciare in forze su Arquata. Il 9 giugno, dopo una breve resistenza, i francesi entrano nel borgo e vi appiccano il fuoco distruggendo, oltre a numerose abitazioni, l’ospedale, la canonica ed il palazzo marchionale. Ed infine, nella notte fra il 14 ed il 15 giugno, dopo che si è proceduto all’arresto ed alla fucilazione di alcuni dei capi degli insorti, un nuovo incendio devasta ancora una parte del borgo.
Sisto Quaglia, giovane avvocato, capo della rivolta, datosi alla macchia dopo il fallimento dell’insurrezione, tenne in scacco per più di un anno le polizie francese e genovese, fino al momento della sua cattura, avvenuta nel settembre 1797.